Inbred na co dzień, a nie tylko od święta – inbred w narzędziach
O inbredzie napisano już wiele, ale jak przekuć tę wiedzę w złoto? Kluczem do sukcesu jest umiejętne wykorzystanie zdobytej wiedzy w codziennej praktyce hodowlanej. Jednak żeby w ogóle móc to zrobić, trzeba wiedzieć, gdzie oraz jakie wyniki są dostępne dla hodowcy, a także w jakich obszarach można je zastosować i jak interpretować.
tekst: dr inż. Magdalena Graczyk-Bogdanowicz
zdjęcia: Ryszard Lesiakowski
Przyjrzyjmy się typowym zdarzeniom w stadzie. Hodowca ma samice, które chce pokryć wytypowanymi przez siebie lub doradcę hodowlanego buhajami. W pierwszej kolejności należałoby sprawdzić, czy wytypowane pary do kojarzenia są ze sobą spokrewnione, jeśli tak, to w jakim stopniu. Następnie wybrać buhaja, który będzie odpowiedni dla tej właśnie sztuki. Gdzie można znaleźć potrzebne informacje? Na stronie Centrum Genetycznego już od 2021 roku udostępniony jest do szerokiego wykorzystania przez wszystkich zainteresowanych hodowców kalkulator rodowodowy (www.cgen.pl/kalkulator/).
Po wprowadzeniu numeru potencjalnego buhaja oraz samicy otrzymujemy informację o spokrewnieniu rodziców oraz o poziomie inbredu potencjalnego potomka takiej pary. Dodatkowo wyświetlane są indeksy rodowodowe potomka. Należy jednak pamiętać, że spokrewnienie i inbred są prezentowane dla każdej możliwej pary rodziców, natomiast indeksy rodowodowe są wyliczane jedynie, jeśli rodzice są rasy holsztyńsko-fryzyjskiej obu odmian i spełniają dodatkowe kryteria opisane w dokumentacji. Jeśli spokrewnienie zestawianej pary oraz inbred przyszłego potomka nas satysfakcjonują, możemy podjąć decyzję o wyborze tego konkretnego buhaja dla samicy. Taki dobór wytypowanych buhajów do samic może zrobić każdy hodowca samodzielnie, korzystając z tego narzędzia. Dodatkowo już niebawem zostanie zaktualizowana metodyka szacowania spokrewnienia i inbredu w programie DoKo. Będzie to metoda obliczania wspomnianych współczynników z użyciem tej aktualnie stosowanej w CGen. W nowej wersji DoKo doradcy hodowlani będą mieli możliwość zestawienia par selekcyjnych oraz uszeregowania ich również na podstawie wartości spokrewnienia. Tak jak do tej pory preferencyjnie będą traktowane te pary, które będą charakteryzowały się niższym spokrewnieniem przy zachowaniu porównywalnego poziomu parametrów zestawianych cech.
A co w sytuacji, jeśli hodowca chce wybrać kilka buhajów z dużej puli samców potencjalnie rozważanych? Czy musi sprawdzać wszystkie kombinacje z samicami? Tutaj z pomocą może przyjść karta buhaja i zakładka „Inbred”.
Dla samców prezentowane są trzy współczynniki: inbred, kompletność rodowodu oraz oczekiwany inbred potomstwa. Skupmy się na razie na ostatnim. Jest to wartość średniego inbredu rodzącego się potomstwa po danym buhaju, gdyby był on kojarzony losowo z żyjącymi samicami z populacji bydła rasy PHF. Wartość ta pozwala się zorientować, czy dany buhaj jest mocno spokrewniony z żyjącymi samicami, czy nie. Dzięki temu wskaźnikowi można szybko wybrać te buhaje z puli rozważanych, które mają najniższą wartość współczynnika. Będzie to oznaczało, że średnio buhaj ten w skali populacji pozostawiłby potomstwo o niższym poziomie inbredu niż buhaj z wyższym współczynnikiem. Po takiej selekcji można sprawdzić kombinacje tych buhajów z samicami we własnym stadzie. Ale co z inbredem żyjących zwierząt, gdzie można odnaleźć poziom inbredu i jak interpretować wyświetlane wartości? Spójrzmy na kartę samicy.
W karcie samicy (w karcie buhaja również) znajdują się następujące współczynniki: inbred oraz kompletność rodowodu. Inbred to oszacowany poziom homozygotyczności danego osobnika na podstawie całej dostępnej informacji rodowodowej. Przyjmuje wartości od 0% wzwyż i jest aktualizowany co tydzień. Jeśli rodowód osobnika nie ulegnie zmianie (aktualizacja rodowodu przodków), to wartość ta nie powinna się zmieniać. Drugą z prezentowanych wartości jest kompletność rodowodu. Jest ona szacowana na podstawie pięciu dostępnych pokoleń (obecność 64 przodków w rodowodzie zwierzęcia). Przyjmuje wartości 0–100%, gdzie 100% oznacza, że cały rodowód danego zwierzęcia jest znany do piątego pokolenia. 0% oznacza, że osobnik ma nieznanych obojga rodziców i w związku z tym również pozostałych przodków. W przypadku tej samicy kompletność rodowodu na poziomie 97,5% wskazuje, że prawdopodobnie brakuje informacji o 4 z 32 możliwych przodków w piątym pokoleniu, pozostałe cztery pokolenia są pełne. Warto zwracać uwagę na kompletność rodowodu, która wskazuje na wiarygodność oszacowania poziomu inbredu. Im niższa kompletność rodowodu, tym z mniejszą precyzją oszacowany jest współczynnik inbredu, zwykle niedoszacowany.
Wyobraźmy sobie, że wytypowaliśmy parę do kojarzenia, spełnia nasze kryteria hodowlane, po kojarzeniu rodzi nam się samica o inbredzie 7,28% (jak w przykładzie powyżej). Czy zwierzę to ma wysoki, czy niski poziom inbredu? Poziom oszacowanego inbredu jest swoisty dla populacji i powinien być interpretowany oraz porównywany jedynie z wynikami, które pochodzą z danej populacji (rasy i kraju). Każdy kraj ma własne założenia dotyczące wykorzystywanych danych rodowodowych oraz metody szacowania inbredu. Dlatego osobnik o inbredzie wynoszącym 7% przy innych założeniach metodycznych może mieć relatywnie wysoki inbred w jednym kraju, a w innym, przy innych założeniach, niski. Dlatego ważne jest, aby wartości oszacowane w Polsce odnosić do wyników prezentowanych dla krajowej populacji. Te można znaleźć na stronie CGen w zakładce: inbred/wyniki (www.cgen.pl/inbred/wyniki/).
Na wykresie 1 przedstawiono średni poziom inbredu rodzących się samic rasy PHF. Jeśli więc przyjmiemy, że samica z przykładu powyżej urodziła się w 2022 roku, a jej inbred wynosi 7,28%, to znaczy, że jej poziom homozygotyczności jest o 1,48% wyższy niż przeciętnej samicy urodzonej w tym roku. W jaki jeszcze sposób możemy wyświetlić wynik inbredu? W podsumowaniu genotypowania dla danego hodowcy zostają wylistowane sztuki, które uzyskały ocenę genomową w ostatnim sezonie, tylko żywe samice lub wszystkie, które kiedykolwiek były zgenotypowane w tym stadzie. Klikając na interesującą nas sztukę, zostaniemy przeniesieni do karty samicy przygotowanej przez CGen, w której – tak jak wspomniano – znajduje się wartość wyliczonego poziomu homozygotyczności tej sztuki. Taki sam efekt uzyskamy, klikając na interesujące nas zwierzę w jakimkolwiek rankingu przygotowywanym dla buhajów, jałówek czy krów (www.cgen.pl/indeksy). Po kliknięciu w podświetlony na niebiesko numer zwierzęcia zostaniemy przeniesieni do jego karty.
Jednym z bardzo ważnych narzędzi wspomagających hodowcę jest internetowy program do zarządzania stadem bydła mlecznego Stado OnLine (SOL). Poza wszystkimi funkcjonalnościami, które posiada w zakresie zarządzania stadem, należy wymienić te związane z inbredem. Dla całego stada prezentowane są one w analizach programu (zakładka: Hodowla > Analizy > Poziom hodowlany stada). W tej zakładce hodowca może sprawdzić, jaki jest poziom homozygotyczności w jego stadzie. Wartości są obliczane zarówno jako średni poziom inbredu całego stada, jak i z rozdzieleniem na samice ogółem, krowy ogółem, jałówki do 1. roku życia i krowy w kolejnych laktacjach. W tym module hodowca może na bieżąco monitorować poziom inbredu w swoim stadzie. Bardzo istotna z punktu widzenia hodowcy jest możliwość kontrolowania, czy kojarzenia realizowane w stadzie rzeczywiście przekładają się na niski poziom homozygotyczności samic, które później wchodzą w laktacje. Jeśli hodowcę interesuje inbred konkretnej sztuki, znajduje się on w karcie krowy/jałówki w programie SOL, tuż pod jej numerem identyfikacyjnym.
Dla tych, którzy lubią wersję papierową dokumentacji – na bieżąco można ją omówić z doradcą w oborze – też jest rozwiązanie. Hodowcy, którzy w ramach usługi z zakresu oceny wartości użytkowej wykupili pakiet dodatkowych raportów, już od dłuższego czasu otrzymują zestawienie samic w postaci raportów RW-Indeksy (również dostarczane jako plik pdf). Raporty te są zbiorczą prezentacją wyników utrzymywanych zwierząt w stadzie oraz z rozróżnieniem na pojedyncze zwierzęta.
Tabela druga raportu RW-Indeksy poświęcona jest indywidualnym rezultatom samic, tu w kolumnie „Inb.” prezentowany jest inbred danej sztuki. Korzystając z tej informacji, hodowca i doradca hodowlany mogą sprawdzić, jaki jest poziom homozygotyczności konkretnych samic, np. tych, które hodowca chce wytypować do krycia, a także czy istnieje ryzyko nasilenia efektów depresji inbredowej u tych zwierząt, które mają wysoki poziom inbredu.
Jak Państwo widzą, opcji na odnalezienie współczynnika inbredu oszacowanego dla konkretnego zwierzęcia lub stada jest wiele. Wyniki mogą być sprawdzane w kontekście całego stada lub konkretnego zwierzęcia. Mogą być wyświetlane on-line lub przeglądane w wersji papierowej, w zależności od tego, jak hodowca lubi korzystać z danych. Jednak co jest najważniejsze – to korzystanie na co dzień z dostępnych narzędzi czy raportów przy podejmowaniu decyzji hodowlanych. Tylko umiejętne i stałe korzystanie z udostępnianych wyników inbredu pomoże w uzyskiwaniu lepszych zwierząt pod względem genetycznym, wolnych od negatywnych skutków chowu wsobnego, a to przyczyni się do zwiększenia opłacalności produkcji w stadzie.
